51ème Episode : Retrouvailles.

Yamato explique que selon Danzô, Sasuke en tant que futur corps d'Orochimaru est une menace pour Konoha. Saï pénètre dans la chambre de Sasuke qui se réveille, mais au lieu de suivre ses ordres et de le tuer, il tente de le capturer et révèle qu'il veut préserver les liens entre Naruto et Sasuke. Ce dernier provoque alors une grosse explosion dans sa chambre, ce qui attire l'attention de Sakura, Naruto et Yamato. Naruto et Sakura rencontrent leur ancien ami ; Saï déclare qu'il abandonne sa mission secrète et qu'il souhaite maintenant comprendre le lien qu'il y a entre Sasuke et Naruto en aidant ce dernier à ramener son camarade à Konoha.  

52ème Episode : La puissance des Uchiwa !

L'équipe Yamato retrouve enfin Sasuke qui est bien déterminé à rester avec Orochimaru pour accomplir sa vengeance. Il tient tête à l'équipe au complet et maîtrise Kyûbi grâce à son Sharingan.

53ème Episode : Fin de mission.

Au moment où Sasuke s'apprête à tuer toute l'équipe Yamato, Orochimaru l'arrête et part avec lui. L'équipe rentre ensuite au village. Tsunade, Jiraya et Kakashi apprennent tout ce qui s'est passé et le stratagème de Danzô. Toutefois, Saï, différent de ce qu'il était avant cette mission, reste dans l'équipe et redécouvre le sens du mot ami.

54ème Episode : Le cauchemar.

Naruto fait un étrange cauchemar où il voit un monstre sans pitié détruire un temple.

55ème Episode : Le vent.

L'entraînement de Naruto va enfin commencer, Kakashi semble avoir une idée pour que Naruto évolue rapidement.

56ème Episode : Fourmillements.

L'entraînement de Naruto continue : celui-ci fait des progrès et arrive à couper une feuille d'arbre.

57ème Episode : Un repos éternel troublé.

Quatre bandits ont pillé la dépouille de Kitane, un des douze ninjas gardiens qui protégeait le roi Féodal.

58ème Episode : La solitude.

L'équipe Kakashi part en mission au Temple du Feu afin de trouver qui sont les pilleurs de tombe. Naruto rencontre un garçon nommé Sora, au passé apparemment sombre, qui manipule très bien le fūton.

59ème Episode : Un nouvel ennemi.

L'équipe Kakashi et deux membres du Temple du Feu poursuivent les pilleurs des quatre tombes. Ils tombent dans un piège.

60ème Episode : Hauts et bas.

L'équipe Kakashi est séparée et ses membres affrontent séparément les présumés pilleurs de tombe qui sont en réalité à la recherche de Sora. Saï et Sakura arrivent finalement à se retrouver et Naruto affronte une femme capable de manipuler les 5 éléments.