41ème Episode : Le début de la mission secrète.

Naruto sous le coup de la colère détruit le pont et laisse derrière lui Sakura, Saï et Yamato pour aller se battre avec Orochimaru. Fou de rage, il finit par faire apparaître une 4ème queue et perd le contrôle.

42ème Episode : Orochimaru contre le Jinchuriki de Konoha.

Le combat entre Orochimaru et Naruto persiste.

43ème Episode : Les larmes de Sakura.

Sakura s'approche de Naruto sans écouter les avertissements de Yamato et se fait blesser au bras.

44ème Episode : Les circonstances du combat.

Saï débute sa mission secrète. Il entre en contact avec Orochimaru qui accepte de l'emmener à sa cachette.

45ème Episode : Les limites de la trahison.

Naruto revient à lui, et Yamato explique que Saï a disparu et est probablement impliqué dans une grande conspiration menée par Danzô. Un clone de Yamato est sur la piste du jeune homme.

46ème Episode : La page inachevée.

Yamato révèle à Naruto que c'est lui qui a blessé Sakura pour le convaincre de ne plus employer la force de Kyûbi. En ouvrant le livre de Saï, Naruto, Sakura et Yamato se posent des questions par rapport à ce qui y est dessiné.

47ème Episode : Le repère du serpent vénimeux.

L'équipe Yamato s'infiltre dans le repaire d'Orochimaru pour retrouver Saï, tandis que celui-ci toujours avec Orochimaru rencontre Sasuke.

48ème Episode : Un lien sacré.

L'équipe Yamato retrouve Saï. Celui-ci leur dit la vérité sur les intentions de Danzô : détruire le Konoha actuel et en prendre le contrôle.

49ème Episode : Une chose précieuse.

L'équipe Yamato pénètre dans le repaire d'Orochimaru et investit la chambre de Saï qui reconnaît ses torts et revient de leur côté. Kabuto est capturé et ligoté.

50ème Episode : Le livre d'images.

Deux groupes sont formés pour chercher Sasuke : Naruto avec Saï et Sakura avec Yamato. Épuisé de son combat précédent avec Orochimaru et de ses recherches en utilisant le multi-clonage, Naruto s'effondre. Lorsque qu'il se réveille, Saï se souvient de ce qu'il voulait dessiner dans les pages blanches au centre de son livre d'images : son frère et lui se tenant la main ; il parle alors de ses liens avec ce dernier. Tout à coup, Orochimaru surgit et les attaque. Sakura et Yamato viennent en aide à Naruto, tandis que Saï continue seul les recherches ; il trouve alors Sasuke, grâce à sa technique de souris d'encre. Yamato trouve le bingo-book de Saï où Sasuke est répertorié : il se rend compte que sa mission secrète est de le supprimer.